Jean-Philippe Charbonnier nasce il 28 agosto 1921 a Parigi da una famiglia di artisti e intellettuali. 

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A 18 anni riceve una macchina fotografica da suo padre che lo incoraggia a diventare fotografo e interrompe i suoi studi per lavorare nello studio di ritratti di Sam Lévin ("scopritore 'di Brigitte Bardot ). Lascia la sua città natale per seguire Lévin a Lione, andra in esilio per due anni nella Svizzera neutrale all'inizio della seconda guerra mondiale dove incontra Jean Manevy che lo istruìsce nell'arte del giornalismo.

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Al suo ritorno in Francia nel 1944, lavora per Théodore (Théo) Blanc (1891-1985) e Antoine (Tony) Demilly (1892-1964) nelle loro camere oscure a Lione, dove impara a stampare.
 
Nel 1950 diventa reporter per la rivista Réalités , specializzata in storie della vita quotidiana francese. Allo stesso tempo, viaggia in tutto il mondo: Africa, Turchia, Canada, Giappone, Medio Oriente, Tailandia, ex Unione Sovietica, Cina, Mongolia Esterna, Stati Uniti. Da questi viaggi usciranno tre numeri speciali di Réalités: Cina, Francia, Il mondo.

Svolge poi relazioni istituzionali per l'Organizzazione Mondiale della Sanità, la Borsa di Parigi, Renault, Carrefour, Royal Air Maroc, tra gli altri. Nel 1976, con Denis Brihat e Jean-Pierre Sudre, inaugura il primo Festival di Arles.

Le mostre di Jean-Philippe Charbonnier includono la Photographers Gallery a Londra, nel 1972, la Agathe Gaillard Gallery, 1976, 1978, 1993, il Musée de l'Elysée di Losanna, 1984, e il Musée Niepce de Chalon-sur-Saône, 1990, e due importanti retrospettive, una al Museum of Modern Art della città di Parigi, 1983, accompagnata dalla pubblicazione di una monografia, e l'altra a Bunkamura a Tokyo, nel 1996.

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Muore il 28 maggio 2004 a Grasse nello stesso anno di Henri Cartier-Bresson , che considerava "... IL VERO tesoro nazionale francese"

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